L'AFCL propose un cursus d’études islamiques composé d’un premier cycle de 3 ans ou sont dispensées plus de vingt matières de sciences islamiques liée à la foi, à la jurisprudence et à l’histoire de l’islam. D’un deuxième cycle de 2 ans : une formation plus approfondie et une étude spécialisée de certaines matières en théologie, en communication et en pédagogie. Il s’agit aussi de donner les outils méthodologiques de réflexion et de recherche sur les questions de l’Islam et de la société moderne.