Le CEAf contribue au renouvellement des recherches et de la formation en sciences sociales sur les dynamiques contemporaines de l'Afrique – et des Afriques dans le monde – tout en rendant compte de la généalogie des situations actuelles. Ses chercheurs, principalement anthropologues, sociologues et historiens, ainsi qu’un important vivier de doctorants et de post-doctorants, étudient ces mutations à partir de quatre axes de recherche collectifs :

- Anthropologie politique des mouvements religieux contemporains - Supports et circulations des savoirs et des arts en Afrique et dans le monde - Les mondes sociaux de l’exil, de la guerre et de l’humanitaire - Mondialisation, territoires et sociétés.