Pierre Lory a d’abord étudié la langue et la littérature arabes à l’Institut National des Langues et Civilisations Orientales puis à l’Université Paris III jusqu’à l’agrégation (1977). Sa formation fut complétée par deux stages linguistiques à Beyrouth (1973) puis à Damas (1975). L’option vers l’islamologie et la mystique a eu lieu sous la direction de Roger Arnaldez (maîtrise sur l’exégèse mystique du Coran, 1976) puis avec l’appui de Henry Corbin (bourse pour l’Iran, 1978) pour une thèse sur l’alchimie en Islam. Il a été nommé, en 1981, maître de conférence à l'université de Bordeaux et il est, depuis 1991, Directeur d'études à l'Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE) à Paris. Il a poursuivi ses recherches à la fois sur la mystique et l'ésotérisme en Islam mais également sur des travaux d'ordre plus général. Pierre Lory a été Directeur du département Etudes arabes, médiévales et modernes à l'IFPO de 2007 à 2011 (Site Damas Abou Roumaneh). Il effectue chaque année des voyages scientifiques au Moyen Orient et en Afrique du Nord. Pierre Lory a également collaboré avec l'Institut international de la pensée islamique (IIIT France) à travers une publication collective : "Penser la modernité et l'Islam, Regards croisés" (IIIT France, 2005).