Anciennement appelée « Études turques et ottomanes », l’unité est issue de la fusion, en 1990, de l’Institut d’études turques (Paris-III), dirigé par Louis Bazin, et d’une des composantes du Centre d’études sur la Russie, l’Europe orientale et le domaine turc (fondée par Alexandre Bennigsen à l’EHESS), centrée sur l’histoire ottomane. Depuis 2010, elle porte le nom de Cetobac. Elle a été dirigée par Gilles Veinstein, directeur d’études à l’EHESS et professeur au Collège de France et, à partir de 2001, par François Georgeon, actuellement directeur de recherches émérite au CNRS. Depuis septembre 2008, la direction est assurée par Nathalie Clayer, directrice de recherches au CNRS et directrice d’études cumulante à l’EHESS.